Wszystko rozpoczęło się z chwilą wejścia w życie ustawy o reformie edukacyjnej czyli w dniu 1 września 1999 roku. Uchwałą Nr VII/46/99 z dnia 11 marca 1999r, Rada Gminy utworzyła Gimnazjum w Liszkach. Stanowisko dyrektora objął mgr Józef Mlak. Powierzono mu zorganizowanie codzienności szkolnej dla absolwentów szkół podstawowych z nowo utworzonego obwodu szkolnego obejmującego miejscowości: Liszki, Piekary, Rączną i Ściejowice. W roku 2003 dołączył Kaszów, a od 2005 także Jeziorzany. Do dyspozycji gimnazjum przeznaczono jeden z budynków istniejącej Szkoły Podstawowej w Liszkach, przewidując w zależności od potrzeb naukę na dwie zmiany. Budynek posiadał 6 sal lekcyjnych, pracownię komputerową i hol przystosowany do ćwiczeń gimnastycznych. Niestety pracę w szkole utrudniał hałas uliczny wynikający z bezpośredniej bliskości ruchliwej szosy. W takich warunkach rozpoczęły naukę jednocześnie 4 oddziały pierwszoklasistów i 2 klasy ostatniego rocznika ośmioklasistów.
Z każdym rokiem uczniów przybywało. Zwiększająca się liczba uczniów “zmusiła” dyrekcję szkoły do poszukiwań miejsc, które można byłoby wykorzystać na sale lekcyjne. I tak staliśmy się użytkownikami 11 pomieszczeń lekcyjnych i “13” posterunku (dosłownie, ponieważ poprzednim gospodarzem była policja, a numer zgadzał się z kolejnością używanych pomieszczeń). Ponadto nasi uczniowie, aby rozwijać swoją tężyzną fizyczną korzystali z sal gimnastycznych SP w Cholerzynie i SP Kraków – Bielany. Uczyliśmy się na dwie zmiany, wykorzystując każdy kąt szkoły, a dzięki uprzejmości strażaków z Liszek, także z remizy OSP. Pomimo trudności ciągle udoskonalaliśmy bazę, aby w szkole było coraz przyjemniej i nowocześniej.
2 marca 2003 roku ks. bp Jan Szkodoń poświęcił nowy budynek Gimnazjum położony z daleka od hałasu i zgiełku panującego w centrum, skąd rozciąga się piękny widok na okolicę: Las Wolski, opactwo benedyktyńskie w Tyńcu, erem kamedulski na Bielanach. W pogodne dni z okien szkoły widać Wawel, Łagiewniki, Tatry i Beskidy. Uroczystość połączono z nadaniem tej placówce imienia św. Jana Kantego i odsłonięciem płaskorzeźby przedstawiającej patrona szkoły, znajdującej się w holu szkoły.
29 października 2006r. odbyła się uroczystość poświęcenia sztandaru szkoły. Funkcję dyrektora pełnił wówczas pan Jacek Jasiołek. Cztery lata później tj. 13 lutego 2010r. otrzymaliśmy do użytku pełnowymiarową halę widowiskowo-sportową, na której młodzież naszej szkoły oraz okolicznych miejscowości rozwija swoją tężyznę fizyczną, biorąc udział w turniejach i zawodach sportowych. Na hali odbywają się również wszystkie uroczystości szkolne, imprezy okolicznościowe i konkursy.
W roku 2012 nasze Gimnazjum zostało połączone ze Szkołą Podstawową i od tej pory tworzymy Zespół Szkół im. św. Jana Kantego w Liszkach. Dyrektorem był wówczas pan Dariusz Jach. Ponieważ pracowaliśmy w dwóch budynkach: w centrum Liszek, gdzie znajdowała się szkoła podstawowa, w której uczyły się dzieci z klas 1-3 oraz dzieci z oddziału przedszkolnego oraz w budynku Gimnazjum, postanowiono dobudować skrzydło.
17 października 2015 roku odbyła się uroczystość otwarcia nowego skrzydła szkoły, przeznaczonego do użytku najmłodszych przedstawicieli szkolnej społeczności. Gościliśmy w tym dniu wielu gości na czele z wójtem gminy Liszki Pawłem Misiem, panem Władysławem Szewczykiem. Obecni byli również: przewodniczący Rady Gminy Zbigniew Kaczor, marszałek województwa małopolskiego Wojciech Kozak, poseł na sejm VII kadencji Piotr Ćwik, przedstawicielka Rady Miasta Krakowa Marta Patena, przedstawiciele Kuratorium Oświaty oraz emerytowana długoletnia dyrektorka Szkoły Podstawowej w Liszkach, pani Elżbieta Skrony i emerytowany dyrektor Gimnazjum, pan Jacek Jasiołek. Przecięcia wstęgi i poświęcenia nowego skrzydła szkoły dokonał ksiądz proboszcz Władysław Szymoniak.
W 2015r. dyrektorem szkoły był pan Rafał Pawłowski, w trakcie roku szkolnego w wyniku zaistniałych zmian stanowisko dyrektora objęła pani Marta Czyżewska, ówczesny wicedyrektor szkoły. Od września 2017r. do czerwca 2018 r. pełniącą obowiązki dyrektora szkoły była pani Aldona Dymek. Od 2018 r. dyrektorem jest pani Danuta Kawula, a wicedyrektorem pani Joanna Jasiołek.
Naszymi atutami jest zaangażowanie w pracę, odpowiedzialność, serdeczność, otwartość i energia. Od kilku lat korzystamy z dziennika elektronicznego. Każda sala lekcyjna została wyposażona w projektor. W trzech salach lekcyjnych zostały zamontowane na stałe tablice multimedialne. Szkoła dysponuje bardzo dobrą bazą pomocy dydaktycznych, co uatrakcyjnia proces edukacyjny. Bardzo ważni są dla nas rodzice i współpraca z nimi, która do tej pory układała się znakomicie. Jako szkoła zawsze możemy liczyć na ich wsparcie, za co jesteśmy im niezmiernie wdzięczni. W całym gąszczu spraw związanych z nauczaniem i wychowaniem młodych ludzi nigdy nie zapominamy, że najważniejszy jest człowiek. Wszystko, co robimy, zmierza do stworzenia uczniom i rodzicom jak najlepszych warunków dla ich kilkuletniego pobytu w naszej szkole.
